Первые учреждения высшего образования, которые действуют на территории Румынии – Василианская академия (1640), основанная князем Василием Лупу в Яссах в качестве "Высшей школы для латинского и славянского языков» и Княжеская академия в Бухаресте, основанная в конце 17 века князем Константином Брынковяну.
Основы для высшего образования на румынском языке, были заложены ещё в 19 веке: курсы для инженеров-землеустроителей, организованные в 1814 году Георге Асаки в Молдавии и Георге Лазэр в Валахии в 1818 году. В 1835 году Михайловская академия была создана в Яссах и в 1852 в Бухаресте была открыта Школа сельского хозяйства (предшественница сегодняшнего агрономического института). В 1857 году в Бухаресте была создана Национальная школа медицины и хирургии; в 1864 году была открыта Национальная школа мостов, дорог, шахты и архитектуры, чтобы впоследствии стать ядром политехнической школы в Бухаресте. Также в 1864 году были заложены основы изобразительного искусства высшего образования.
Первые румынские университеты были созданы князем Ал.И.Куза - университет Яссы (1860) и Бухарестский университет (1864) - под чье правление был выдан первый Закон об общем образовании (1864), который регулировал всю школьную систему образования от начального до высшего уровня. В конце 19 века после драматического развития образовательной системы, различные сферы образования регулировались отдельными законодательными актами: Законом о начальном образовании (1893), Законом о среднем и высшем образовании (1898), Законом о профессиональном образовании (1899).
В Трансильвании, в 1872 году, был создан университет Клуж; в Буковине был открыт университет Черновцы (1875). После 1918 года румынская система образования унитарно управлялась новыми законами организации образования, выданными в 1924-1928 гг.
Сеть высших учебных заведений была сильно развита между двумя Мировыми Войнами.
В 1948 году, после начала коммунистического правления, образование было организовано государством в качестве унитарной высоко централизованной структуры. Полностью отделенное от церкви, образование было доступным для всех детей. Тем не менее, из-за структурного дисбаланса, и хронической нехватки материальных ресурсов, из-за эффекта экономического кризиса рост высшего образования подавлялся. Технические и материальные ресурсы были подвержены хроническому старению, а в отношении количества студентов наблюдалась недостача. В учебном 1975/1976 году было 42 высших учебных заведения в 20 университетских центра, среди которых 7 университетов: Бухарест, Клуж, Яссы, Тимишоара, Крайова, Брашов, Галац, с общим количеством 164 567 студентов.
После свержения господства коммунизма в 1989 году, основная реформа была инициирована самими вузами. В рамках программы реформы, большинство студентов было зачислено на различные учебные программы, которые были доступны. Румынские университеты были в режиме постоянного увеличения в период последнего десятилетия, достигнув 353 228 студентов за учебный год (1999-2000). Этот огромный рост также был результатом внедрения новой возможности для румынских граждан продолжать образование, основанное на оплате за обучение.
